ggplot2 函数式批量作图
以处理Seurat对象为例 Seurat内置的函数作图出的图对象都是ggplot类型的对象,所以全都可以用ggplot2的方法进行图的格式修改。 对于一个常见的seurat作图函数,一般函数内部会有一些参数可供修改: ...
以处理Seurat对象为例 Seurat内置的函数作图出的图对象都是ggplot类型的对象,所以全都可以用ggplot2的方法进行图的格式修改。 对于一个常见的seurat作图函数,一般函数内部会有一些参数可供修改: ...
环境配置 新版的Seurat有处理空间转录组数据的功能,所以就顺手用一下子。 IDE就用Rstudio,相关包安装就用Rstudio自带的就行了。主要是seurat本体 + ggplot + patchwork这几个,另外还需要dplyr和stringr。 ...
我分析的是空间转录组数据,所以下面以10x Fresh Frozen空间转录组数据为例。 集群搭建与环境配置 实验室暂时没有服务器,租了阿里云服务器。实例规格ecs.r6.4xlarge,16核CPU,128G内存,这个规格后续被证明是刚好够用且好用的。 ...